Антивирус на коленке или вирусы на сайте

document.write('')
/*
внутри какое-то говно непонятного назначения, но не счётчик и не ваш код
*/

• выкачивать сайт и менять каким-нибудь редактором типа Dreamweaver, NetBeans или Notepad++ (любым, умеющим искать и заменять по множеству файлов)
• или использовать специально-натасканный скрипт

• чтобы рекурсивно перелопачивал директории
• и чтобы искал по регулярному выражению

 ////////////////////////////////////////////////////////// 
  // Рекурсивная функция - спускаемся вниз по каталогу 
  ////////////////////////////////////////////////////////// 
  function scan_dir($dirname) 
  { 
    // Объявляем переменные замены глобальными 
    GLOBAL $text, $retext; 
    // Открываем текущую директорию 
    $dir = opendir($dirname); 
    // Читаем в цикле директорию 
    while (($file = readdir($dir)) !== false) 
    { 
      // Если файл обрабатываем его содержимое 
      if($file != "." && $file != "..") 
      { 
        // Если имеем дело с файлом - производим в нём замену 
		if (preg_match("/(.php)$/is",$file)) {
		//искать в php файлах. Меняйте на js или html по надобности; или другие форматы
        if(is_file($dirname."/".$file)) 
        { 
          // Читаем содержимое файла 
          $content = file_get_contents($dirname."/".$file); 
          // Осуществляем замену 
		  //if (preg_match ('#(function g(){var r=new RegExp)(.*?)#is', $content )) {
		  /*
		  эта закомментированная строка ищет строку, начинающюся на 
		  */
		  if (preg_match ('#document.write('(function g(){var r=new RegExp)(.*?)#is', '', $content);
          //$content = str_replace($text, $retext, $content); 
		  /*
		  можно и по-простому str_replace`ом вместо вышестоящего preg_replace. 
		  в конце файла надо раскомментировать 2 строки
		  */
          // Перезаписываем файл 
			file_put_contents($dirname."/".$file,$content); 
		  echo $dirname."/".$file."---
";//exit;
		  /*
		  этот exit чтобы останавливать после первого нахождения и проверять где что нашёл. 
Желательно закомментировать строку выше file_put_contents(...), чтобы файл не перезаписался, 
пока вы тестируете скрипт.
		  */
		  }
        }
		}
        // Если перед нами директория, вызываем рекурсивно 
        // функцию scan_dir 
        if(is_dir($dirname."/".$file)) 
        { 
          //echo $dirname."/".$file."
"; 
          scan_dir($dirname."/".$file); 
        } 
      } 
    } 
    // Закрываем директорию 
    closedir($dir); 
  }
  //$text = '$text'; // Искомая строка
  //$retext = '$retext'; // Строка замены
  //вдруг понадобится :) выше закомментирован str_replace по этому поводу
  $dirname = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"];//""; 
  scan_dir($dirname);  // Вызов рекурсивной функции